明治８年（1875年）、東本願寺によって下京区内に京都府下小教校として開校され、明治21年には京都府の要請で尋常中学校を併合。明治26年、京都府尋常中学校を京都府に返還した際に小教校の名称を大谷尋常中学校と改称し、翌年、東山区の現在地に学校を建設した。大正12年の中学校令で旧制大谷中学校となり、昭和22年の学校教育法の成立で新制大谷中学校が発足し、翌年には新制大谷高等学校も発足した。戦後長らく社会・経済が混乱し、日本の教育界も混乱した。昭和35年、大谷中学校は米国のバタビア市の教授法（複数の教員が教室に入る）を参考にしたバタビアシステム教育を日本で初めて導入し、社会に大きな話題を提供した。バタビアシステムの効果を確かめた大谷高等学校は、昭和38年、高校普通科の中にバタビアコースを開設し、バタビアコースは６ヵ年一貫コースとなった。
　平成２年から始まった総合計画の結果、大谷中学校は平成９年、中学１年生より男女共学を開始し、平成12年からは高校部も男女共学とした。さらに平成19年度からはバタビアコースをさらに発展させるためにコースを２分化、マスタークラスとコアクラスを発足させ、平成22年からは中学校もマスターJrクラスとコアJrクラスをスタートさせた。