【山梨学院中学・高等学校】
山梨学院中学・高等学校の教育目的は、建学の精神を体現した「智と情と勇をそなえた人間の育成」。この教育目的を達成するために、①自律（autonomy）、②思考（consideration）、③表現（expression）、④共生（coexistence）の4つの能力を形成していく教育活動を行っています。
全校生徒は中学校で約300名、高等学校で約1,100名の合計約1,400名の生徒が在籍しており、2023年4月の第95回選抜高校野球大会での全国優勝、2021年1月の第99回全国高校サッカー選手権での全国優勝など、スポーツでも数多くの実績を残しています。
2023年から高等学校で通信制課程を導入するなど、新しい取り組みにも積極的に挑戦しています。


【山梨学院小学校】
山梨学院小学校の教育目標も中学・高等学校と同じく、①自律（autonomy）、②思考（consideration）、③表現（expression）、④共生（coexistence）です。 これらを基本として、基礎学力形成、異文化理解、社会認識、環境教育、感性の形成、身体教育、モラルの形成、メディア・リテラシー教育の８つのコンセプトを立てて、グローバルな学力を育成するカリキュラムを編成しています。
全校生徒は約450名で、山梨学院幼稚園と併せて国際バカロレアPYP認定校となっており、幼小9年間の国際バカロレア（PYP）として認定されたのは、山梨学院が全国初となっています。
放課後開放事業として「クラブ活動」「学習塾・習い事」「学童保育」すべてに当てはまるようなトワイライトスクールを実施するなど、独自の教育活動を展開しています。


【山梨学院幼稚園】
山梨学院幼稚園は「子どもを人として尊ぶ」「生活の中で育てる」という2つを教育理念としており、遊びの中で「智・情・勇」を育む教育を行っています。「遊びを学びへ」という特色は、ソニー幼児教育支援プログラムの受賞でも証明されています。本園は2012年度から2018年度まで、7年連続受賞おり、2018年度は全国最優秀園（全国２園・山梨県初）にも選ばれています。
園児数は約200名で、山梨学院小学校と同様に国際バカロレアPYP認定校となっており、山梨の子どもたちに世界標準の探究型教育を提供しています。